home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1995 August / macformat-027.iso / mac / Shareware City / Science / TopPred II ƒ / TopPredII 1.2 FPU / TopPredII 1.2 FPU.rsrc / TEXT_128_Scales Help text.txt < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-05-16  |  1.0 KB  |  14 lines
  1. GES .- Engelman,D.M., Steitz,T.A., Goldman,A. (1986) Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 15, 321-530.
  2. The most recommended for studies about hydrophobic proteins. All predictions and limits in this software have been calculated with this scale. 
  3.  
  4. GvH1.-  von Heijne,G. (1992) J. Mol. Biol. 225, 487-94
  5. Considered to improve the GES scale with prokaryotic proteins.
  6.  
  7. KD.- Kyte,J., Doolitle,R.F. (1982) J. Mol. Biol. 157, 105-32
  8. This escale is based upon water-to-vapor transfers, and gives good results when the transfer of free energy is really important.
  9.  
  10. PA.- Persson, B., Argos, P. (1994) J. Mol. Biol. 237, 182-192
  11. This scale, which is double, takes into account the propensity for a residue to be localised in the core or in the boundaries of a transmembrane domain. Prediction of the transmembrane segments is done following a method which differs slightly from the trapezoid method.
  12.  
  13. AMPHI.- J√§hnig, F. (1990) Trends Biochem. Sci. 15, 93-95
  14. This is an algorithm that uses the KD scale to search amphiphilic a-helices and √ü-sheets.